Kėdainių Šv. Juozapo bažnyčia ir varpinė – architektūros paminklai, šiandien po visų sunkmečių puošiantys Kėdainių senamiestį. Parapijoje brandinamos naujos pasauliečių veiklos formos, kurios išvaduoja iš individualistinės izoliacijos ir veda į bendrystę su Aukščiausiuoju ir su bendruomenės nariais, ugdo atsakomybę vienas už kitą.
Vienuoliai karmelitai sunkiomis kontreformacijos sąlygomis 1709 metais pastatė Kėdainiuose koplyčią, o 1766-aisiais – ir Šv. Juozapo bažnyčią. Jie nuolat rūpinosi bažnyčios pastatu, dirbo pastoracinį darbą, plėtojo socialinę, švietėjišką veiklas. Karų, gaisrų, epidemijų metais nepabūgo sunkumų, tai, kas sunaikinta, atstatė iš naujo. Karmelitų dėka Kėdainių krašte ypač išplito Švč. M. Marijos ir šv. Juozapo kultai. Daugiausia tam padėjo karmelitų vadovaujamos „Škaplieriaus“ ir Šv. Juozapo brolijos. Brolijų įgaliojimas visuomet nešioti škaplierius, medalikėlį ir kasdien sukalbėti maldelę Švč. M. Marijos ir šv. Juozapo garbei krašte išliko net sovietiniais metais. Kėdainių krašte beveik kiekvienoje šeimoje tėvai vieną iš savų atžalų krikštijo Juozapo vardu.
Karmelitų įsteigtai ir vyskupo Jono Mikalojaus Zgierskio 1713 m. lapkričio 8 d. patvirtintai parapijai teko sunkus išbandymų kelias. Parapijos bendruomenė tvirtėjo kovodama su rusifikacija, kai buvo uždraustas lietuviškas raštas. Kėdainių krašte platintos maldaknygės, kita lietuviška literatūra, kovota su alkoholizmu. Kai Šv. Juozapo bažnyčia buvo Josvainių filija, Josvainių dvasininkai garsėjo kaip tautinio, religinio, moralinio gyvenimo propaguotojai.
XX a. pradžioje popiežius Pijus X, besirūpindamas „visa atnaujinti Kristuje”, kvietė atgaivinti parapijų bendruomenių gyvenimą. Vyskupai, kunigai ragino katalikus dažniau priimti Komuniją, uoliau dalyvauti šv. Mišiose. Kilo ekumeninis-liturginis sąjūdis.
Paskelbus Lietuvos Nepriklausomybės Aktą 1918 metais, Kėdainių krašto kunigai tapo lietuviškų valsčių, kooperatyvų kūrimo iniciatoriais. Prasidėjus Nepriklausomybės kovoms, kunigai savanoriai buvo karo kapelionais, organizavo materialinę paramą kovotojams.
Nepaprastai svarbus jų vaidmuo lietuvių pasipriešinimo okupantams pokario kovų metais. Antibažnytinė okupacinio laikotarpio politika, kai buvo, falsifikuota tikrovės samprata, padarė daug žalos Katalikų Bažnyčiai. Kėdainių Šv. Juozapo bažnyčia buvo paversta Elektros aparatūros gamyklos sandėliu. Pateikta archyvinė medžiaga atskleidžia, kaip nevienareikšmiai į šį faktą reagavo parapijos bendruomenės nariai, kokia buvo vietinių valdininkų elgsena, kaip buvo netausojamos meno vertybės.
Tik Atgimimo laikotarpiu, grąžinus šventovę katalikų bendruomenei, kunigai skyrė ir skiria visą dėmesį jos atstatymo, restauravimo darbams, gyvajai Bažnyčiai ugdyti. Žmonės turi visas galimybes vystyti savo dvasinį gyvenimą.
Archyviniai dokumentai liudija, kad prie Kėdainių karmelitų bažnyčios veikė šv. Juozapo brolija, kuriai „popiežius Benediktas XIV 1753 m. vasario 20 d. suteikė atlaidus”. Kėdainių karmelitų bažnyčia 1753 metais popiežiaus Benedikto XIV brevėje, suteikiančioje atlaidus šiai bažnyčiai ,,tituluojama Šv. Juozapo vardu”.
Kėdainiai – vienas iš seniausių Lietuvos miestų, įsikūręs šalies viduryje, abipus Nevėžio upės. Tai savitas miestas, išsaugojęs įvairių epochų ir kultūrų palikimą. Kaip teigia kalbininkas A. Salys, žodis „Kėdainiai” yra asmenvardinės kilmės, kilęs iš pavardžių Kėdainis, Kėdys ar Kedys”.
Pasak legendos, Kėdainiai kilę iš „turtingo pirklio Keidango, atvykusio iš Kuršo, vardo”. Keidangas įkūręs nedidelį žvejų kaimelį prie Nevėžio. Tačiau istorikai to nepatvirtino.
Kėdainiai pradėjo augti ir plėstis nuo XV a. vidurio. Tam įtakos turėjo keletas svarbių priežasčių.
Kėdainiams atsidūrus Radvilų giminės Biržų ir Dubingių šakos rankose, jie netrukus tapo vienu iš reformacijos centrų. Nuo 1600 metų mieste ir dvare įsigalėjo evangelikai reformatai (kalvinai). Kėdainiuose veikė dvi šio tikėjimo bažnyčios: lietuviška ir su pamaldomis lenkų bei vokiečių kalbomis
XVII a. didžiąją Kėdainių gyventojų dalį sudarė reformatai. Reformatų bažnyčios sesijose kartu sėdėjo bei įvairius bažnytinius reikalus svarstė Kėdainių reformatų bendruomenės kunigai, mokyklos dėstytojai, magistrato pareigūnai, kiti garbūs ir turtingi miestiečiai. Bažnyčios sesijose nuolat dalyvavo miesto burmistras Steponas Jaugelis Telega, ėjęs bendruomenės iždininko, bažnyčios senjoro ir mokyklos rektoriaus pareigas. Kiti miesto burmistrai Juozapas Lipskis ir Petras Zigmantavičius Skominas taip pat buvo aktyvūs reformatų bendruomenės nariai.
Nepaisant reformatų vyravimo XVII a. antroje pusėje-XVIII a. pradžioje, Kėdainiuose susiklostė daugelio konfesijų sambūris. Kadangi mieste apsigyveno nemažai amatininkų ir pirklių iš Vokietijos, 1629 metais čia atsirado kitos protestantų krypties – liuteronų bendruomenė. Pagal Kristupo Radvilos privilegiją jai buvo padovanoti du margai žemės bažnyčiai statyti. Pirmoji evangelikų bažnyčia buvo medinė, o XVII a. ant-; roję pusėje buvo pastatyta mūrinė bažnyčia. Kristupas Radvila rūpinosi atvykėliais ir palankiais mokesčiais skatino juos kurtis mieste. Vakarinėje Kėdainių dalyje apsigyveno vokiečiai evangelikai liuteronai, kurie 10 metų buvo atleisti nuo mokesčių. Po penkerių metų naujajame miesto rajone, Janušavoje, apsigyveno apie 80 atvykėlių šeimų. Taigi nuo XVII a. vidurio Kėdainiuose gyvavo dvi juridiškai įteisintos konfesinės bendruomenės.
1627 m. rugpjūčio 30 d. sutartimi tarp K. Radvilos ir Vilniaus vyskupo Eustachijaus Valavičiaus su kapitula. K. Radvila įsipareigojo Šv. Jurgio bažnyčią perduoti katalikų kunigams ir tikintiesiems, tačiau globos teisę pasiliko sau ir savo įpėdiniams.
Nuo 1594 m. miestą valdžiusi uoli katalikė Elžbieta Ostrogiškė-Kiškienė-Radvilienė grąžino bažnyčią katalikams, tačiau po jos mirties, 1599 m., Kėdainiai atiteko reformatui Stanislovui III Kiškai. Jis Šv. Jurgio bažnyčią vėl atidavė protestantams, tik šį kartą – evangelikams reformatams.
1600 m. katalikų kunigas Motiejus Kobylinskis kreipėsi į Kauno miesto teismą su skundu, kuriame nurodė, kad Vitebsko vaivados Stanislovo Kiškos įsakymu Kėdainių dvaro pareigūnas Leonas Kalenkkis, miestiečių padedamas, jėga atėmė iš jo kleboniją ir katalikų bažnyčią
Šiuo kunigo skundu Kėdainiuose prasidėjo 27 metus trukęs teismo procesas dėl Šv.Jurgio bažnyčios grąžinimo katalikams.
Bažnyčia buvo pagrindinė karmelitų vienuolijos Kėdainiuose pastoracinės veiklos vieta, todėl pradėta statyti pirmiausia. 1709 metais buvo pastatyta karmelitų koplyčia. Parapijiečių katalikų padedami, karmelitai “bažnyčios ir varpinės statybą baigė 1766 metais. Ji dar 1753 metais buvo tituluota šv. Juozapo titulu. Tais metais įsteigta ir šv. Juozapo brolija, bažnyčia vizitacijos aktuose paminėta Švč. Marijos Paaukojimo vardu.
Ten pat rašoma, kad kiekvieną sekmadienį karmelitų bažnyčioje buvo aukojamos šv. Mišios. Švenčių dienomis 8 vai. rytą būdavo aukojamos šv Mišios, po kurių buvo išstatomas Švč. Sakramentas, 10 vai. – Suma, po jos sakomas pamokslas. Mišparai – trečią valandą, kas antrą mėnesio sekmadienį buvo aukojamos brolijos šv. Mišios su Švč. Sakramento adoracija ir procesija. Be kasdienių patarnavimų, atliekamų parapijai, pagal 1752 metų sinodo nurodymus „Kėdainių karmelitų bažnyčia nuo 1825 metų kasmet privalėjo aukoti 54 užsakytas giedamas, 360 skaitomų šv. Mišių ir trejas specialiai kam nors skirtas šv. Mišias”.
Visi bažnyčioje atliekami patarnavimai buvo registruojami įvairiose knygose: santuokų, krikšto, mirimo, procesijų ir kt.
Kita karmelitų pastoracinė veikla parapijoje – bažnytinių labdaros brolijų, kurių nariai – pasauliečiai, globa. Prie Kėdainių karmelitų bažnyčios veikė dvi brolijos: Švč. M. Mergelės Marijos Škaplierinės arba Škaplieriaus ir Šv. Juozapo.
1817 metų vizitacijos akte minima, kad Švč. M. Marijos Škaplierinės ir Juozapo brolijos Kėdainiuose buvo įsteigtos popiežiaus Benedikto XIV nurodymu ir leidus Žemaičių vyskupui A.Tiškevičiui.
1832m. liepos 17d. caro Nikolajaus įsakymu buvo “panaikinti 24 vienuolynai tarp jų ir Kėdainių karmelitų vienuolynas”. Vyskupas Juozapas Arnulfas Giedraitis Kėdainių Šv. Juozapo bažnyčią padarė filijine ir prijungė prie Josvainių parapijos.
Šv. Jurgio bažnyčia tarnavo ne tik parapijai – ji tapo Lietuvos kariuomenės Kėdainių įgulos bažnyčia, o Šv. Juozapo bažnyčia turėjo ir Šv. Jurgio parapijos filijines teise, tapo ir mokinių bažnyčia.
1936 metais Kėdainių Šv. Juozapo bažnyčiai suteiktos parapijos bažnyčios teisės. 1936-asiais Šv. Jurgio parapijai priklausė 4015 katalikų, Šv. Juozapo – 19000. Šv. Juozapo bažnyčia dėl savo patogios padėties, kunigų pastoracijos, gausaus moksleivių skaičiaus, kurie čia rinkosi melstis, tapo kėdainiečių mylima ir gausiai tikinčiųjų lankoma bažnyčia, skleidžiančia Kristaus Evangelijos šviesą ir dvasingumą.
Nuo 1934m. Šv. Juozapo bažnyčioje kiekvieną sekmadienio rytą buvo meldžiamasi lenkiškai, 10 valandą vyko pamaldos mokiniams, vėliau – Suma, pamokslai, mišparai – lietuviškai. Mokiniams šv. Mišias aukodavo ir pamokslą sakydavo gimnazijos kapelionai. Į pamaldas rinkdavosi gimnazijos, kultūrtechnikos, Amatų mokyklų moksleiviai. Pavieniai ir mokinių grupelės turėjo savo vietą bažnyčioje – jie visada stovėdavo ten pat, o vyresnieji, atėję į pamaldas, susėsdavo į klauptus. Rugsėjo pirmąją gimnazijos moksleiviai, pasipuošę uniforma, su mokytojais, grojant orkestrui, eidavo į bažnyčią”
1941m. vasario 8d. Kėdainių apskrities civilinės būklės aktų įrašų biuro vedėjas D.Prusakas perėmė iš Šv. Juozapo parapijos klebono Aloyzo Jauniaus ,,tos bažnyčios metrikacijos knygas, dokumentus ir inventorių”.
1943m. iš šv. Juozapo bažnyčios iškeliamas kunigas A.Jaunius.
1943m. rugsėjo 20d. klebonu skiriamas kun. J.Pukelis, kuris pradėjo aukoti šv. Mišias pirmaisiais mėn. penktadieniais ir per Kristaus karaliaus šventę, siekiant atgaivinti okupacijos prislėgtą tautą.
1953 metais Šv. Juozapo bažnyčios klebonas kun. J.Pukelis buvo paskirtas Šv. Jurgio bažnyčios altarista, ten atšventė auksinį kunigystės jubiliejų, o į jo vietą klebonu paskirtas kun. Rapolas Liukas, vikaru – kun. Petras Danyla. 1954m. rugsėjo 2 d. kun. R.Liukas paskirtas Kėdainių dekanato dekanu.
Kun. Pranciškus Gaižauskas (1913-1998) Kėdainių gimnazijoje mokėsi 1925-1933 metais,dirbo vikaru Šv. Jurgio ir Šv. Juozapo bažnyčiose.
Kun. Vytautas Labonas (1930-2000) vikaro pareigas ėjo Kėdainių šv. Juozapo parapijoje, vėliau Betygaloje.
Kun. Steponas Pilka (1917-1994), baigęs teologijos studijas, 1949 metais buvo paskirtas Kėdainių šv. Juozapo parapijos vikaru. Vėliau Pernaravos parapijoje už veiklumą nukentėjo. Neteko darbo pažymėjimo. Tada prisiglaudė pas savo bendrakursį kun. Antaną Slavinską Josvainiuose.
Kėdainių rajono ir miesto katalikų bažnyčios, tarp jų ir Šv. Juozapo, buvo įregistruotos 1948 metais, išskyrus Šaravų bažnytėlę.
Sovietinių valdininkų apskaitos duomenimis, “1948 metais religinių švenčių metu Šv. Juozapo bažnyčią lankė 1200 tikinčiųjų, Šv. Jurgio – 1100 tikinčiųjų. Tuo metu Kėdainių rajone tikinčiųjų gausiausiai buvo lankomos šio bažnyčios: Kėdainių Šv. Juozapo, Krakių, Šėtos, Apytalaukio, Josvainių. Remiantis archyvų duomenimis, “1948 metais Šv. Juozapo bažnyčioje pastoracinį darbą dirbo klebonas ir vikaras, aptarnaujančio personalo – 4, choristai – 25, penki bažnyčios personalo asmenys gavo atlyginimą”.
Nepaisant sovietinės valdžios draudimų, Šv. Juozapo bažnyčia sekmadieniais, atlaidų metu visada būdavo gausiai lankoma, joje nesimeldė tik valdininkai. Nemažai parapijiečių, bijodami nemalonumų, sekmadieniais vyko į Kauno ar kitas Lietuvos bažnyčias. Kadangi Kėdainiuose turgavietė veikė sekmadieniais, tai aplinkinių kaimų gyventojai, pardavę atsivežtus maisto produktus, skubėjo į šv. Mišias šv. Juozapo bažnyčioje. Nepaisydami sovietų valdžios draudimų, daugelis žmonių krikštijo vaikus, priėmė Santuokos sakramentą, laidojo artimuosius su bažnytinėmis apeigomis.
1952m. kovo 13d. Kėdainių šv. Juozapo katalikų bendruomenės aktyvas buvo naujai perregistruotas, pakeisti kai kurie komiteto nariai. Aktyviausi iš jų: S.Pabrinkis, V.Daujotienė, J.Sereikienė, J.Ragauskas, A.Sasnauskas, M.Burkauskas. Nuo 1952-ųjų iki 1960 metų bažnytinio komiteto nariai susirinkimuose aptardavo bažnyčios pastato, inventoriaus būklę, rūpinosi bažnyčios tarnautojais. Tai atsispindi surašytuose protokoluose, kuriuose pasirašydavo klebonas R.Liukas.
1953 metų birželį prasidėjo bažnyčios vidaus remonto darbai.
Pirmiausia nuspręsta restauruoti Švč. Jėzaus Širdies ir švč. M.Marijos altorius. Nutarta nukryžiuotojo statulą, esančią prie Švč. Jėzaus Širdies altoriaus, pernešti ant didžiojo altoriaus viršutinės kondignacijos ir drobėje nutapyti jam tinkamą foną, Pertvarkyti didžiojo altoriaus elektros instaliaciją, nudažyti ir atnaujinti paauksinimus. Padaryti naują Dievo stalą ir iškirsti zakristijos duris tiesiai į presbiteriją. Iš jos išnešti du senus klauptus ir vietoj jų pagaminti dvejus mažus klauptus.
Švč. Jėzaus širdies altorių atnaujinti – perdažyti, atnaujinti paauksavimus. Viršuje pakabinti Kristaus Karaliaus paveikslą, pertvarkyti elektros instaliaciją.
Švč. M.Marijos altorių perdažyti, atnaujinti paauksavimus. Vietoj Nukryžiuotojo paveikslo pakabinti Aušros Vartų švč. M.Marijos paveikslą, pertvarkyti elektros instaliaciją. Altoriui padaryti trečią laiptelį. Restauruoti Švč. M.Marijos Škaplierinės paveikslą.
Kitų metų vasarą remontuotas bažnyčios vidus, prie visų bažnyčios durų išorėje padaryti cementiniai laipteliai. Nutarta sutvarkyti šventorių: uždaryti praėjimą juo į tuometinę Taikos gatvę, nakties metu šventoriaus vartus užrakinti.
1955 m. gegužės 2d. susirinkę klebonas kun. R.Liukas, vikaras kun. P.Danyla, vargonininkas J.Tomkevičius, zakristijonas P.Gabševičius, varpininkas J.Rutkūnas ir komiteto narys S.Pabrinkis, remdamiesi kurijos raštu Nr.676, 1953m. gegužės 4d. aptarė bažnyčios vidaus remonto darbus, nes rašte buvo numatyta “prisilaikyti architektūrinio stiliaus”.
1956 metais altoriui papuošti buvo nupirktos trys skulptūros: šv. Antano, šv. Teresėlės ir Jėzaus. Buvo pagaminti stovai statuloms.
1957-aisiais laukta valdytojo kan. J.Stankevičiaus vizitacijos, todėl buvo remontuojama zakristija, uždengtas bažnyčios stogas. Zakristijoje įdėti nauji langai ir durys, pastatyta krosnis, išdekoruotos abi zakristijos, sienoje padaryta rūbų spinta, grindys išklotos linoleumu.
1961m. Kėdainių katalikų bažnyčių klebonai gavo įspėjamuosius raštus, kad varpais skambinti galima tik laidojant, o atlaidų metu atvykstantys kitų parapijų kunigai privalo raštiškai pranešti vykdomajam komitetui. Į vykdomųjų komitetų darbą vis labiau kišosi saugumo darbuotojai. 1961m. kovo 23d. raštu Nr.213 Kėdainių vykdomojo komiteto pirmininkas A.Bernota uždraudė šventoriuje prekiauti devocionalijomis.
Valdytojas kan. J.Stanekevičius 1963m. vasario 1d. raštu Nr.91 Šv. Juozapo bažnyčios klebonui kun. K.Lapinskui pranešė, kad jis turi “parašyti oficialų pranešimą, kada, kam dalyvaujant ir kuo remiantis buvo uždaryta Kėdainių Šv. Juozapo bažnyčia”.
Į valdytojo raštą kun. K.Lapinskas atsakė: “Kėdainių Šv. Juozapo bažnyčia buvo uždaryta 1963m. sausio 23d. 1963m. kovo 26d. dalis Šv. Juozapo bažnyčios turto buvo perduota Šv. Jurgio bažnyčiai, o 1963m. balandžio 9d. likusi dalis Vilniaus ateizmo muziejui.
1963,. Sausio 23d. uždarant Šv.Juozapo bažnyčią ir parapiją prijungiant prie Šv. Jurgio parapijos, klebonui V.Tėveliui buvo pareikšta, kad jis privalo aptarnauti visus Kėdainių miesto tikinčiuosius taip, kad nebūtų nusiskundimų. Tačiau Kėdainių vykdomojo komiteto pareigūnai Šv. Jurgio bažnyčios klebonui paliko 9m2 kambarį ir 9m2 virtuvę. Niekas nesidomėjo, kur kunigas krikštys vaikus esant šalčiams.
Žinia apie Šv. Juozapo bažnyčios uždarymą jaudino ne tik parapijiečius. Kėdainių Šv. Jurgio bažnyčios klebonas kun. V.Tėvelis raštu informavo Kėdainių rajono vykdomąjį komitetą, kad kovo 24 dieną vyks Šv. Juozapo atlaidai ir dalyvaus Dotnuvos klebonas kun. K.Šablevičius. gausiai tąkart atlaiduose Šv. Jurgio bažnyčiose dalyvavo tikintieji. Po pamaldų žmonės būriavosi, tarėsi, ką daryti, kur rašyti. Gal bus sugrąžinta medinė bažnyčia?
Šv. Juozapo bažnyčia buvo paversta Elektros aparatūros gamyklos sandėliu. Gamyklos dirbančiųjų dėka vielos tinklais buvo atitverti altoriai. Iš pradžių ketinta juos nugriauti, tačiau iš Vilniaus gautas įsakymas jų neliesti, esą tegul lieka kaip meninės vertybės.
Netrukus į bažnyčią ir šventorių privežta metalo vamzdžių, įrankių, elektros kabelių. Buvusio karmelitų vienuolyno patalpose sandėliuoti cheminiai skysčiai.
Artėjo atgimimas, žmonės ėmė bruzdėti, savo nuomonę išsakė spaudoje. Parapijietis J. Meškauskas rajono laikraštyje rašė: „Kai atvažiuoji į Kėdainius ir užklysti į Tarybų gatvę, senamiestyje įspūdžio ieškanti akis pačiame miesto viduryje pamato tarsi šmėklą, stovinčią sukrypusiais kryžiais, išdaužytais langais, atplyšusiomis lentomis – bažnyčią. Patenki į nemalonią situaciją ir, gelbėdamas miesto gyventojo garbę ir orumą, esi priverstas visaip išsisukinėti. Kaip tai įvyko, vyresniojo amžiaus kėdainiečiai gerai atsimena. Ji gamyklai buvo perduota laikinai, o tas „laikinumas“ tęsiasi 27 metus ir jo galo nematyti. Kadaise bažnyčia religinės bendruomenės buvo gerai prižiūrima. O dabar (…) ji nusiaubta ne tų, kurie sėdėjo aukštai, o mūsų pačių. Todėl šiandien pro ją praeinant ne vienam iš mūsų į sąžinę ji smeigia aštrią skeveldrą. Vargu ar iš ten dirbusių kas nors būtų šūktelėjęs: „Ką mes darome?“
Taip, bažnyčia atitverta, esą tai dėl materialinių gėrybių saugumo. Tai kodėl tada neatitverti altoriai, kurie tūkstančius kartų vertesni? Kur buvo žalia veja – išmintos provėžos, šventorius primėtytas nurašytų įrengimų.
Bažnyčia ir varpinė atsidūrė gamyklos teritorijoje ir pakliūti į ją net paminklosaugininkams, kultūros ministerijos atstovams būdavo nemaža vargo.
1968-aisiais su Elektros aparatūros gamykla sudaryta saugojimo sutartis, o 1971 m. rugsėjo 28-ąją šv. Juozapo bažnyčia, XVIII amžiaus vietinės reikšmės architektūros paminklas, nutarimu Nr. 40, patvirtintu Lietuvos TSR Kultūros ministerijos kolegijos, įtraukta į Lietuvos TSR paminklų sąrašą.
Kėdainiečiai norėjo kuo greičiau atgauti ir atkurti savo bažnyčią. Žmonės, įmonės aukojo lėšas, nemažai savo santaupų skyrė a. a. gydytoja Teklė Bružaitė. Nuo 1987 metų „kultūros fonde buvo surinkta 326000 rublių“.223 Buvo restauruoti vargonai, iš Ateizmo muziejaus atgauta dalis inventoriaus. šv. Juozapo bažnyčios patalpų panaudojimą Kėdainių kultūros skyrius derino su Lietuvos TSR Kultūros ministerija, nes „norėta joje įkurti Vinco Svirskio darbų ekspoziciją“.
Dėl gamyklos iškėlimo iš senamiesčio teritorijos buvo kreiptasi į Maskvą, svarstyta vykdomojo komiteto posėdžiuose. 1987 metais architektas Dainius Juozėnas pradėjo rengti šv. Juozapo bažnyčios ir varpinės restauracijos projektą. Po metų jis buvo baigtas. Architektas numatė restauruoti supuvusią varpinę, barokines bokštų kepures, altorius ir sienų polichromiją. 1990-aisiais gamykla galų gale išsikraustė iš vienuolyno ir bažnyčios, prasidėjo restauracija. 1991 m. gegužės 23 d. pasirašytas potvarkis „Dėl Elektros aparatūros gamyklos pastatų perdavimo“, kuriuo šv. Juozapo bažnyčia, varpinė perduoti religinei bendruomenei. Bažnyčios restauracija pradėjo rūpintis tuometinis šv. Jurgio parapijos klebonas kun. Juozas Vaičeliūnas. Jis įdėjo daug pastangų, kad šv. Juozapo bažnyčia būtų ne ekspozicijų salė, bet grąžinta tikintiesiems kaip šventovė. Jam tai pavyko pasiekti. Tuo pačiu metu kun. J. Vaičeliūnas vykdė remonto darbus Lančiūnavos bažnyčioje, ant jo pečių gulė pastoracinis darbas, tikybos dėstymas mokyklose. Klebonas nepajėgė visur suspėti. Jis kreipėsi į kardinolą Vincentą Sladkevičių, prašė, kad sugrąžintai Šv. Juozapo bažnyčiai būtų paskirtas klebonas. Todėl nuo 1991 m. kovo 1 d. šios bažnyčios atstatymo ir restauravimo darbais pradėjo rūpintis kun. Kęstutis Daknevičius, kuris kartu ėjo ir parapijos klebono pareigas.
Pradėjęs klebonauti šv. Juozapo bažnyčioje, kun. K.Daknevičius suprato, kad statybos ir remonto darbai pareikalaus daug laiko.
1991m. gruodžio 1d., pirmąjį Advento sekmadienį, Kėdainius užplūdo žmonių minios, atėjo ilgai laukta bažnyčios atšventinimo diena. “Žmonių suvažiavo iš visos Lietuvos. Vienas čia kadaise krikštytas, kitas pirmą kartą priėmė šv. Komuniją, trečias susituokė. Į jau pusiau suremontuotą bažnyčią grįžo Dievas”.
Šv. Mišias koncelebravo vyskupas S.Tamkevičius, monsinjoras A.Svarinskas, monsinjoras K.Jakaitis, parapijos klebonas kun. K.Daknevičius.
Neretas kunigą vadindavo bažnyčios pelyte. Kun. K.Daknevičius – kuklus ir paprastas.
Jis visiems buvo atidus, mėgo bendrauti su parapijiečiais. Jam klebonaujant buvo sudaryta bažnyčios pastoracinė taryba, kunigas subūrė ministrantus, adoruotojas, aiškino jiems Bažnyčios liturgiją, jų vaidmenį per šv. Mišias. Jaunimą telkė į maldos grupeles, chorą, kuris sekmadieniais per jaunimo šv. Mišias giedojo giesmes, o į vakarines jaunimo pamaldas vyko į Josvainių bažnyčią.
Klebonas dėstė tikybą Keleriškių pradinėje mokykloje, pradėjo pastoraciją per rajoninius laikraščius, neapsiribojo vien bažnyčioje sakomais pamokslais. “Kėdainių garsas” spausdino pašnekesius su kun. K.Daknevičiumi, jų susidarė ištisas ciklas. Kalbėta apie žmonių ėjimą prie altoriaus – bažnytinę santuoką ir pasirengimą jai. Aiškinta, kas yra Gavėnia ir ką ji reiškia Bažnyčios ir tikinčiųjų gyvenime, apie krikšto prasmę, žmogaus įsipareigojimą Dievui ir Bažnyčiai. Išsamūs komentarai apie laidotuves, gedulingas apeigas ir atsisveikinimą su mirusiais artimaisiais. Kalbėta daugeliu temų, kurio aktualios parapijiečiams po dvasinės priespaudos metų.
Parapijiečiai džiaugėsi klebono darbais ir pastangomis atgaivinti bažnyčią ir parapiją.
Grąžinus 1997m. bažnyčią ir kun. K.Daknevičių iškėlus į kitą parapiją, spalio 28d. šv. Juozapo parapijos klebonu ir dekanato dekanu buvo paskirtas kun. Sigitas Btkauskas. Jis tęsė kun. K.Daknevičiaus nebaigtus bažnyčios, jos aplinkos tvarkymo darbus bei pastoracinę veiklą.
2000m. gegužės 1d. pastoracinį darbą pradėjo klebonas kun. Gintaras Pūras. Šv. Juozapo parapijoje jo laukė nebaigti remonto darbai, bet svarbiausia – bendruomenė formavimas. Parapija dekanate – pati didžiausia ir tokią bendruomenę formuoti sunku.
Toliau buvo tęsiamas pastoracinis darbas, vaikai ruošiami pirmajai komunijai, krikštijami vaikai, lankomi ligoniai.
Buvo įkurtas jaunimo centras sename vienuolyno pastate. Žinoma toliau buvo tęsiami remonto darbai.
2001m. gruodžio 1d. Kėdainių šb. Juozapo parapija atšventė savo atkūrimo ir bažnyčios atšventinimo dešimtmetį.
Klebonas kun. G.Pūras ėmėsi vykdyti dar keletą sielovados krypčių. Kiekvieną sekmadienį, 9.00val., parapijos salėje tikintiesiems aiškinamos nesuprantamos Šventojo Rašto vietos. Kas antrą sekmadienį susitinkama su ministrantais ir adoruotojomis. Su jais diskutuojama įvairiomis, jiems aktualiomis temomis, aiškinamasi, kas yra liturgija, patarnautojams skaitomos paskaitėlės “Ministrantų programa”. 2001 metais buvo aplankyta apie 600 šeimų.
Koplyčia įrengta Šv.Juozapo parapijos klebono kun. G.Pūro pastangomis, parapijos lėšomis. Klebonas, be kita ko, tęsia pastoraciją per spaudą. Joje informuoja parapijiečius apie parapijos būklę, jojevykstančius renginius ir kitus parapijos įvykius.
2003m. vasario 26d. Kauno arkivyskupo pasirašytu dekretu Kėdainių mieste pakeistos katalikų parapijų ribos. Dalis Šv. Juozapo parapijai priklausančios miesto teritorijos priskirta šv. Jurgio parapijai. Naujoji parapijų riba eina Tilto gatve, J.Basanavičiaus gatvės dešiniąja puse (nuo Tilto g. sankryžos) ir tiltu per Nevėžį, vedančiu į Vilainius; P.Lukšio, Kęstučio, Rožių, Rūtų, Žemaitės, žemčiūgų ir J.Biliūno gatvės bei J.Basanavičiaus gatvės dešinioji pusė (nuo sankryžos su Tilto gatve) priklauso Šv. Jurgio parapijai. Bažnytiniai sakramentai – krikšto, Santuokos, Pirmoji Komunija, taip pat laidotuvės turi būti teikiami savosios parapijos bažnyčioje. Išimtis – Ligonių patepimo sakramento teikimas sergantiems, kai kunigai nepaiso parapijų ribų.